Fpkm是什麼意思

FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）是一種用於衡量轉錄本表達水平的指標，常用於RNA-seq數據分析。它是對RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）的一種改進，考慮了轉錄本的長度以及測序深度。

在RNA-seq實驗中，reads是根據基因模型（gene model）被映射到基因組上的。FPKM值表示每千 bases 的轉錄本上平均有多少個片段（fragments），這些片段是從一百萬個映射的reads中計算出來的。FPKM值可以用來比較不同基因的表達水平，也可以用來分析不同條件下的基因表達變化。

計算FPKM值需要以下幾個步驟：

  1. 計算每個基因的reads數。
  2. 計算每個基因的片段數（fragments），通常認為一個雙端測序的read對代表一個fragment。
  3. 計算每個基因的表達量，即每千 bases 的片段數。
  4. 將這個值除以該基因的測序深度（即一百萬個reads），得到FPKM值。

FPKM值是一個無量綱的值，它可以消除基因長度和測序深度的影響，使得不同基因的表達量可以進行直接比較。然而，FPKM值也存在一些局限性，例如它假設每個reads都是均勻分布的，而且它不考慮reads的定位信息。